UIN Sunan Kalijaga sebagai salah satu Perguruan Tinggi terus berkomitmen untuk mengkaji dan terus-menerus mencari solusi bagi permasalahan bangsa Indonesia, khususnya permasalahan bangsa Indonesia. Perubahan IAIN menjadi UIN menambah bidang kajian yang selama ini hanya memfokuskan pada Islamic Studies mulai merambah ke sains eksperimental.